Случается такое, что в стандартном приложении галереи, а также в некоторых приложениях видео, аудио приложениях исчезают файлы, но на самом деле они есть на SD карте, есть пару решений:
1) найти и удалить .nomedia
2) скопировать все с карты на ПК и отформатировать карту, потом заново с ПК скопировать на карту
